2013年 中国科学院杰出科技成就奖（集体奖）
2008年 高鸿钧研究员荣获全球华人物理学会“亚洲成就奖(ROBERT T. POE PRIZE)”
2010年 高鸿钧研究员获中国真空学会真空科学成就奖
  2024年 第十七届北京青年优秀科技论文 李更      
2023年 中国科学院优秀导师奖：杨海涛
            中国科学院院长奖学金特别奖：李萌 （导师：杨海涛） 
             朱李月华优秀博士生奖：  赵振 （导师：鲍丽宏）
            北京市优秀毕业 生: 李萌 （导师：杨海涛）  
2022年 中国科学院大学领雁金奖（引航奖）：高鸿钧
            桥口隆吉奖学金：李萌 （导师：杨海涛） 
             北京市优秀毕业生：曹路 （导师：高鸿钧）   
2021年 中科院优秀导师奖：高鸿钧
            中科院优秀博士学位论文奖：朱诗雨 （导师：高鸿钧）
             中国科学院院长奖学金优秀奖：邢宇庆
             中国科学院大学校部研究生国家奖学金：胡彬
2020年 中科院优秀导师奖：高鸿钧
            中科院优秀博士学位论文奖：王东飞 （导师：高鸿钧）
            朱李月华优秀博士生奖：曹路 （导师：高鸿钧）
            博士国家奖学金：王雪艳  （导师：高鸿钧）
2019年 北京市优秀毕业生：郭辉 （导师：高鸿钧）
             朱李月华优秀博士生奖：范朋 （导师：高鸿钧）
2018年 宝钢优秀学生奖：王东飞 （导师：高鸿钧）
2016年 中科院优秀导师奖：高鸿钧
            中科院优秀博士学位论文奖：李林飞 （导师：高鸿钧）
2014年 院长奖学金优秀奖:李林飞（导师：高鸿钧）
2012年 2人获所长奖学金优秀奖：李更 潘理达
2011年 2人获所长奖学金优秀奖：周海涛 刘立巍
2010年 2人获所长奖学金优秀奖：毛金海 姜宇航
2009年 3人获所长奖学金优秀奖：惠超 胡昊 潘毅
2007年 中国真空学会优秀博士论文奖 林晓
2007年 2人获所长奖学金优秀奖：蔡金明 田继发
2006年 王业亮获“2006年全国优秀博士学位论文”提名
2006年 2人获所长奖学金优秀奖：贺晓波 杨天中
2005年 王业亮 2005年度中国科学院优秀博士学位论文
2005年 2人获所长奖学金优秀奖：林 晓 高 利
2003年 1人获所长奖学金优秀奖：杨海涛
2002年 1人获所长奖学金优秀奖：杨海涛 2012年 多人获所长奖学金表彰奖：徐文焱 邹强 姜丽丽等
2011年 多人获所长奖学金表彰奖：黄立 张理智 孟蕾等
2010年 多人获所长奖学金表彰奖：田园 黄立 周海涛等
2009年 多人获所长奖学金表彰奖：张余洋 连季春 路红亮 等
2008年 3人获所长奖学金表彰奖：杨冰 张海刚 路红亮
2007年 4人获所长奖学金表彰奖：孙家涛 刘奇 江楠 鲍丽宏
2006年 4人获所长奖学金表彰奖：蔡金明 郭 伟 邓智滔 田继发
2005年 4人获所长奖学金表彰奖：肖从文 秦志辉 马海峰 贺晓波
2004年 3人获所长奖学金表彰奖：刘 飞 林 晓 高 利
2003年 2人获所长奖学金表彰奖：王业亮 林 晓
2002年 1人获所长奖学金表彰奖：郭海明